2006年梅西首次參加世界杯，在2006年世界杯，梅西有打進球嗎？2006 年 3 月 1 日，在瑞士與克羅地亞進行的友誼賽的早期階段，梅西以一種很快成為特色的方式橫穿了防線，然后將左腳射門打入了遠角。
梅西在 2006 年以 6-0 戰勝塞爾維亞的比賽中打進了他的第一個世界杯進球，為他的國家打進 71 球，阿根廷替補席上爆發出一陣喜悅。他們知道他們手頭上有一些特別的東西，他們很清楚這將是許多人的第一個目標。但是，當然，他們無法知道有多少，事實上，他的國家還有 70 個進球，而且總數還有時間上升。
他在一定程度上是阿根廷的最佳射手，比第二名的加布里埃爾·巴蒂斯圖塔多出 17 分，是迭戈·馬拉多納的兩倍多。
但馬拉多納獲得了大獎。他在 1986 年世界杯上達到的高度，可以說是在比賽之前或之后從未見過的，將阿根廷帶到了獎杯。早在 2006 年 3 月，他就已經可以指出前一年在 20 歲以下世界杯上的勝利。兩年后，他又獲得了一枚奧運金牌。但是沒有高級世界杯，甚至沒有美洲杯，梅西曾五次爭執并在三場決賽中被擊敗，不過，最重要的是世界杯。
在德國世界杯期間，梅西在替補席上見證了他們對陣科特迪瓦的首場比賽勝利。在下一場對陣塞爾維亞和黑山的比賽中，他在第74分鐘替補出場，成為代表阿根廷出戰世界杯的最年輕球員。他在幾分鐘內助攻了他們的第四次進球，并在他們 6-0 的勝利中打進了最后一球，使他成為本屆世界杯最年輕的射手，也是世界杯歷史上第六年輕的射手。隨著他們進入淘汰賽階段的安全，幾名先發球員在最后一場小組賽中休息。梅西因此在對陣荷蘭的比賽中首發出場，0-0 平局，因為他們在凈勝球上贏得了小組賽。
在對陣墨西哥的 16 強比賽中，在他 19 歲生日那天，梅西在第 84 分鐘上場，比分打成 1-1。他似乎打進了一個進球，但有爭議地被判越位，球隊需要在加時賽的最后一個進球才能繼續比賽。他沒有參加對陣德國的四分之一決賽，在此期間阿根廷在點球大戰中以 4-2 被淘汰。回到家鄉，佩克曼決定讓他坐在替補席上對陣德國，這引起了那些認為梅西本可以改變比賽結果對阿根廷有利的人的廣泛批評。
