在十多個國家舉辦的歐洲杯中，最令人擔憂的無疑是人員跨境流動加速新冠疫情蔓延。 世衛組織歐洲執行總干事羅布巴特勒指出，在一些歐洲杯主辦城市，新冠病毒感染在賽事舉辦地呈上升趨勢。 特別令人遺憾的是“目前一些舉辦比賽的場館正在增加允許觀看比賽的觀眾人數”。
斯洛伐克后衛丹尼斯·瓦夫羅和另外一名工作人員是本屆歐洲杯首批被確認核酸檢測陽性的球隊人員。本周初，蘇格蘭足總宣布新星吉爾摩因新冠檢測呈陽性而缺席球隊的最后一輪小組賽。蘇格蘭隊0:0逼平英格蘭隊，年僅20歲的吉爾摩當選全場最佳。賽后，蘇格蘭足總確認這位中場新星新冠檢測陽性，要自我隔離10天。
盡管本屆歐洲杯的絕大多數球場看臺開放比例在5成甚至以下，但是還是發生了球迷感染的情況。芬蘭衛生部門對從圣彼得堡（芬蘭與比利時的小組賽最后一輪在圣彼得堡進行）返回的球迷進行了核酸檢測，初步結果就有多達86例陽性。預計全部檢測結束，還會有更多的感染者。而且因為邊境檢測能力不夠，大約800人在沒有接受檢測的情況下返回了芬蘭。芬蘭總理馬林對局勢表達擔憂，芬蘭是歐洲感染率最低的國家之一。芬蘭相關方面建議從俄羅斯返回的球迷在72小時內接受檢測，并在此期間避免與他人密接。
與此同時，丹麥衛生局官員安妮特·萊克·佩特里在日前的新聞發布會上表示，已發現29例與在哥本哈根舉行歐洲杯比賽相關的新冠肺炎感染病例，理論上可能有更多人感染。
德國疾病控制機構科赫研究所主席魏勒表示，新冠大流行期間，在歐洲各地旅行沒有意義，他還批評了在倫敦舉行淘汰賽的做法，溫布利將承辦2場1/8決賽、2場半決賽和決賽。英國方面已經宣布，倫敦溫布利球場將允許超過6萬名觀眾觀看半決賽和決賽，溫布利球場最初打算將觀眾人數限制在4萬。魏勒說：“從傳染病學的角度來看，這不是好主意。”
世衛組織敦促，在新冠疫情呈上升趨勢的地區，相關主辦城市要迅速采取行動，加強病毒檢測、測序和接觸者追蹤，加快疫苗接種。
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